El FSE forma parte de los Fondos Estructurales de la UE, cuya financiación se destina a mejorar la cohesión social y el bienestar económico en todas las regiones de la Unión. Los Fondos Estructurales son instrumentos financieros de redistribución que contribuyen a mejorar la cohesión dentro de Europa, ya que concentran el gasto en las regiones menos desarrolladas. Concretamente, las ayudas del FSE pretenden respaldar la creación de un mayor número de puestos de trabajo y la mejora de las condiciones laborales dentro de la UE. Para ello, el fondo cofinancia proyectos nacionales, regionales y locales que mejoran los niveles de empleo, la calidad de los trabajos y las posibilidades de integración en el mercado laboral en los Estados miembros y sus regiones.

Los Estados miembros y las regiones desarrollan sus propios programas operativos al amparo del FSE, con el fin de responder a las necesidades reales "sobre el terreno".